可是，弗洛伊德對內省法的關心還是以后發生的事情。他作為一位嚴肅認真，勤奮好學的醫學學生，還沒有時間或者興趣來研究內視心理學。的確，他被生理心理學深深吸引，甚至推遲自己的醫學研究而去布呂克的生理研究院進行研究工作。在這里，人們想象總會躲在一張躺椅后面聽精神病人嘮叨的這個人，把6年的大部分時間花在實驗室的工作臺上，解剖魚類和龍蝦，追尋它們的神經通路，透過顯微鏡觀察神經細胞。

　　他醉心于學術上的生理心理學，希望成為一名生理學家而進行純粹的研究。可布呂克卻建議他不要這樣做。弗洛伊德沒有錢——他還住在家里，靠他父親供養——當時，從事純科學研究對一個沒有額外進項的人來說是不可能的，除非他能夠指望在學術上取得很高的地位，對于一個猶太人來說，他不可能做到這一點。弗洛伊德放棄了這個夢想，勉強完成了醫學課程，1881年拿到了碩士學位。

　　他在這個研究院呆了一段時間，可第二年，他邂逅并愛上了妹妹的一個朋友，是位名叫瑪莎·柏恩雷的姑娘，不久就提出了結婚的事情。她被這位偏黑的年輕漂亮醫生所吸引，并接受了他的求愛，不過，他只能在自立并保障一個妻子和家庭的生活之后才能結婚。對他最為合適的可行辦法是去一家私立診所，可他需要在一個他可以忍受的專業當中獲取臨床經驗和培訓。神經學是離神經科學最近的一個專業，因此，他離開了布呂克的學院，加入了維也納總醫院，在當時世界最有名的腦解剖學家西奧多·梅那特的指導下學習。在接下來的3年時間里，他對診斷不同類型的腦損傷和腦部疾病有了相當的專業經驗。

　　（在這期間，幾乎每個人都知道，弗洛伊德進行了可卡因的短期試驗。他自己使用了可卡因，并在醫學圈里鼓吹它的止痛和抗抑郁作用，直到發現一位上了癮的朋友遭受其毀滅性的毒害之后，他才戒掉了。可是，為時已晚，他已經在當時的維也納醫學圈子里遭到了懷疑。）